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正常人體各部位存在著大量的微生物（如皮膚、口、咽部、陰道和結(jié)腸等），這些微生物在宿主細(xì)胞上定居、生長和繁殖的現(xiàn)象稱為“定植”，定植的細(xì)菌稱為“正常菌種”，正常菌種對保持人體生態(tài)平衡和內(nèi)環(huán)境的穩(wěn)定有重要作用。許多因素諸如宿主患病、醫(yī)療措施影響、外來菌侵襲及抗菌藥物使用等會(huì)造成：
（1）菌群失調(diào)，患者常表現(xiàn)腹瀉、結(jié)腸炎、嚴(yán)重者致二重感染；
（2）定位轉(zhuǎn)移，正常菌群可自原有部位轉(zhuǎn)移到其他部位引起感染；
（3）內(nèi)源性感染，又稱“自身感染”或“機(jī)會(huì)感染”。
以上問題在宿主免疫功能缺陷時(shí)常見。 微生物的致病性是相對的，一種致病菌如數(shù)量少可不致??；一種非致病菌數(shù)量多時(shí)可能致病。致病微生物引起感染時(shí)只要消滅致病體就可以達(dá)到治愈的目的；而正常菌群所致內(nèi)源性感染時(shí)，不可能消滅菌群，應(yīng)采取措施調(diào)整菌群。
人體不同部位的正常菌群：
皮膚：葡萄球菌屬、八疊球菌、類白喉?xiàng)U菌、綠膿桿菌、坐瘡丙酸桿菌、厭氧G+球菌、青霉菌等。
腸道（空腸末、回腸、結(jié)腸）：大腸桿菌、產(chǎn)氣桿菌、變形桿菌屬、綠膿桿菌、葡萄球菌屬、八疊球菌、腸球菌、產(chǎn)氣莢膜桿菌、類桿菌屬、雙歧桿菌、真桿菌屬、棱桿菌屬、消化球菌、消化鏈球菌、白念珠菌、埃可病毒、腺病毒等。
前尿道：表面葡萄球菌、非致病抗酸桿菌、腸球菌屬。
陰道：乳桿菌、類白喉?xiàng)U菌、大腸桿菌、類桿菌屬、腸球菌屬、奈瑟球菌屬、厭氧球菌屬等。
每種感染均有特異的病原微生物，稱致病菌。臨床上泌尿生殖器感染常見的致病菌包括：金黃葡萄球菌、溶血性鏈球菌、淋球菌、假單胞菌屬（綠膿桿菌等）、白喉?xiàng)U菌、大腸桿菌、結(jié)核桿菌、支原體屬、衣原體屬、各種病毒、各種真菌、滴蟲等。
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